Qu'est-ce qu'une zoonose, et pourquoi y en a-t-il de plus en plus ?

Ces dernières années, la grippe aviaire, le Mpox, Ebola, la COVID-19 ou encore les foyers d’hantavirus ont occupé l’actualité sanitaire mondiale. Ces maladies partagent une même origine animale, qui les inscrit dans la catégorie des zoonoses.

« Environ 75 % des maladies infectieuses émergentes et 60 % des maladies infectieuses connues sont zoonotiques », rappelle Elsa Leger, docteure en écologie des maladies infectieuses et coordinatrice scientifique de l’initiative internationale PREZODE.

Un agent pathogène, capable de rendre malade l’hôte qu’il infecte, peut être un virus, une bactérie, un parasite ou un champignon. « Aujourd’hui, la plupart des pandémies récentes sont des virus. […] Les virus ont généralement une évolution et un taux de transmission très rapide, et peuvent provoquer des flambées épidémiques », précise-t-elle.

À chaque émergence, les animaux se retrouvent désignés coupables. La transmission de ces pathogènes tient pourtant le plus souvent aux activités humaines. Dans quelle proportion cette cadence s’accélère ? 

UNE QUESTION DE SURVEILLANCE

Une part de la hausse observée tient à des dispositifs de détection plus performants et plus précoces, qui repèrent des événements autrefois passés inaperçus.

Plusieurs réseaux de vigilance coexistent. « L’Organisation mondiale de la santé animale a un système pour reporter tous les cas qui vont être détectés [dès le premier, ndlr] dans les populations animales domestiques et sauvages », indique Elsa Leger. Ce signalement s’appuie sur une surveillance de terrain : « Par exemple, on a des formations de rangers, notamment dans des parcs naturels, sur l’observation d’un animal mort ou malade », explique-t-elle. En parallèle, les plateformes One Health font dialoguer services vétérinaires et services de santé publique.

« Pour autant, cette amélioration de nos capacités de détection et d’alerte précoce n’explique pas à elle seule les tendances observées », précise Audrey Arnal, chercheuse en écologie de la santé. 

Les travaux de l’écologue Kate Jones et de ses collègues, parus dans la revue Nature en 2008, recensaient 335 événements d’émergence entre 1940 et 2004. Une fois corrigé le biais lié à l’effort de signalement, leur fréquence a augmenté nettement au fil des décennies, avec un pic dans les années 1980, concomitant de l’épidémie de VIH.

Une analyse plus récente, publiée dans BMJ Global Health en 2023, a mesuré la tendance sur quatre virus zoonotiques majeurs entre 1963 et 2019 : le nombre d’événements de débordement a augmenté d’environ 5 % par an et les décès associés de près de 9 %.

« Autrement dit, nous détectons certes mieux les pathogènes qu’auparavant, mais nous créons également de plus en plus de conditions favorables à leur émergence. Il reste difficile de quantifier précisément la part de l’augmentation observée qui résulte d’une meilleure surveillance ou celle qui reflète une hausse réelle des émergences », expose la chercheuse. 

CE QUE NOS ACTIVITÉS DÉCLENCHENT

Tant que les milieux naturels demeurent préservés, les micro-organismes qu’ils abritent circulent entre espèces sauvages sans menacer l’humain. « Les animaux sauvages hébergent naturellement une immense diversité de micro-organismes, qui circulent depuis toujours au sein des écosystèmes », relève Audrey Arnal.

Le basculement vient des transformations que l’homme impose aux écosystèmes. Dès 2020, le rapport de l’IPBES, la plateforme intergouvernementale d’experts qui évalue l’état de la biodiversité pour les décideurs publics, concluait que les activités humaines créent des occasions toujours plus nombreuses pour l’émergence de nouvelles zoonoses, en multipliant les contacts entre faune sauvage, animaux domestiques et humains. « Ces nouvelles interfaces offrent davantage d’opportunités à certains pathogènes de franchir la barrière d’espèce et de s’adapter à ce nouvel hôte », poursuit Audrey Arnal.

Aujourd’hui, les deux chercheuses s'accordent sur les causes identifiées. « On retrouve d’abord le changement d’usage des sols, la déforestation, la fragmentation des habitats, l’expansion agricole, le développement des systèmes d’élevage et l'urbanisation, qui modifie profondément les écosystèmes, les communautés animales et les contacts entre espèces », énumère Audrey Arnal.

« Certaines pratiques d’élevage, notamment lorsqu’elles impliquent de fortes densités animales ou des interactions avec la faune sauvage, peuvent également jouer un rôle d’amplificateur de transmission. S’y ajoutent le commerce et la consommation d’animaux sauvages, l’augmentation des mobilités humaines et des échanges internationaux, ainsi que le changement climatique, qui modifie la répartition des espèces et des vecteurs et favorise de nouvelles interfaces de transmission », poursuit-elle. 

L’épidémie de bilharziose survenue au Sénégal en 1989, qu’Elsa Leger a pu étudier sur place entre 2015 et 2025, en est un exemple. Après la mise en service du barrage de Diama, au milieu des années 1980, destiné à soutenir les cultures de canne à sucre et de riz, la schistosomiase intestinale a explosé dans la ville de Richard-Toll, où elle n'avait que très peu été observée jusque-là : la part d’examens positifs y est passée de moins de 2 % en 1988 à plus de 70 % à la fin de 1989. L’humain, le bétail, les rongeurs et les mollusques d’eau douce qui leurs servent d’hôtes intermédiaires partagent aujourd'hui les mêmes parasites, ce qui en fait un cas d’étude pour la circulation des pathogènes entre espèces.

Détruire un habitat en modifie la composition. « Lorsqu’on déforeste ou que l’on fragmente un habitat, […] les espèces spécialisées ou sensibles aux perturbations disparaissent. À l’inverse, les espèces généralistes ou opportunistes prospèrent : elles tolèrent les milieux dégradés, se reproduisent vite, et s’adaptent facilement aux environnements occupés par l’être humain. Or ces espèces généralistes ou opportunistes sont souvent de bons réservoirs de pathogènes », analyse Audrey Arnal. C’est le cas du rat pygmée (Oligoryzomys longicaudatus), qui prospère aussi bien en forêt qu’en ville. 

À QUOI PEUT-ON S'ATTENDRE DÉSORMAIS ?

« Ce que l’on peut affirmer avec confiance aujourd’hui, c’est que les facteurs qui favorisent les zoonoses augmentent rapidement. De ce point de vue, tout indique que le risque d’émergence zoonotique sera plus élevé dans les prochaines décennies qu’il ne l’a été par le passé », avance Audrey Arnal. Les régions les plus exposées combinent une forte biodiversité, des écosystèmes en transformation rapide et une démographie en forte croissance : l’Afrique subsaharienne, l’Asie du Sud et du Sud-Est, l’Amérique latine.

La France n’échappe pas à ces enjeux. Ses territoires d’outre-mer, situés sous les tropiques, font office de sentinelles autant que de zones d’exposition. Le réchauffement favorise par ailleurs l’installation du moustique tigre (Aedes albopictus) en métropole, et avec lui le risque de transmission locale de la dengue ou du chikungunya.

Sur le territoire métropolitain, les zoonoses les plus courantes restent les infections à Campylobacter et la salmonellose, transmises par les volailles et les œufs, la maladie de Lyme, la leptospirose véhiculée par l’urine de rongeurs, la toxoplasmose et l’échinococcose.

« Mais surtout, la pandémie de COVID-19 nous a rappelé une réalité fondamentale : dans un monde globalisé, une émergence à l’autre bout de la planète peut devenir en quelques semaines une crise sanitaire en France. Les pathogènes ne connaissent pas de frontières », souligne Audrey Arnal.

PRÉVENIR PLUTÔT QUE SUBIR

La prévention vise à réduire la probabilité du saut d’espèce. La surveillance précoce constitue un levier, tout comme l’éducation des populations en contact étroit avec la faune, notamment des chauves-souris. 

Préserver les forêts dépasse d’ailleurs la seule prévention sanitaire. Cela permet aussi de « protéger la biodiversité, stocker du carbone, préserver les ressources en eau et soutenir les moyens de subsistance de nombreuses populations. C’est un investissement qui produit des bénéfices environnementaux, sanitaires et économiques bien au-delà des zoonoses », affirme Audrey Arnal. 

Elsa Léger souligne néanmoins la difficulté à promouvoir les méthodes de prévention, car lorsque celles-ci fonctionnent « il n’y a rien qui se passe. Donc forcément, c’est difficile de montrer [...] les effets des mesures qui sont appliquées ». 

Pourtant, les deux chercheuses s'accordent sur ce point : « la pandémie de covid 19 nous aura appris que ne pas investir dans la prévention finit presque toujours par coûter beaucoup plus cher ».