Allergies : les poumons ont une mémoire

Un enfant qui grandit dans une ferme, au milieu du fumier, de la paille et des bêtes, développera moins d'allergies qu'un enfant élevé en ville dans un appartement aseptisé : ce paradoxe surprenant est connu depuis les années 1980. En 1989, l'épidémiologiste britannique David Strachan en tira ce qu'on appela l'hypothèse hygiéniste. Moins on est entouré de microbes en bas âge, plus le système immunitaire pourra sur-réagir s'il est confronté à des cibles inoffensives, comme le pollen ou les acariens.

Trente-sept ans plus tard, l'idée a fait son chemin, est entrée dans le langage courant et a posé les bases de nombreuses recherches menées sur les allergies. Il manquait pourtant l'essentiel : un lien de causalité. Comment, biologiquement, l'exposition à des bactéries pouvait-elle laisser une trace protectrice durable contre une réaction allergique survenue des années plus tard ?

Une étude publiée en mars 2026 dans Nature Immunology par deux équipes de l’Institut Pasteur dirigées par Lucie Peduto, directrice de l’unité Stroma, inflammation et réparation tissulaire et Gérard Eberl, directeur de l’unité MicroEnvironnement et immunité apporte enfin une réponse : contre toute attente, ce ne sont pas les cellules du système immunitaire qui se souviennent des microbes, ce sont les poumons eux-mêmes. 

UN ÉQUILIBRE ANCIEN ROMPU PAR LA MÉDECINE MODERNE

Pour comprendre la portée de cette conclusion, il faut revenir à la réaction que provoquent les microbes dans notre organisme. Les bactéries, les champignons et les virus qui colonisent notre intestin, notre peau ou nos voies respiratoires sollicitent en permanence notre système immunitaire. « Toutes ces bestioles induisent des réponses immunitaires différentes et il s'établit un équilibre en soi », résume Gérard Eberl.

Cet équilibre repose sur trois grandes catégories de réponses immunitaires : celles dirigées contre les attaques internes comme les virus ou les tumeurs (type 1), celles qui ciblent les bactéries et les champignons (type 3), et celles, dites de type 2, conçues pour s'attaquer à des organismes plus gros, les parasites. C'est cette troisième catégorie qui pose problème. « Les grands faits de la médecine, la vaccination, l'hygiène et les antibiotiques, ont permis que nous mourrions beaucoup moins de maladies infectieuses qu'avant », rappelle le chercheur. « Mais en même temps, on paye le prix d'un déséquilibre, et ce déséquilibre se manifeste comme les cas de maladies inflammatoires, d’auto-immunité, et d’allergies ». Privée de parasites à combattre, la réponse de type 2 se rabat sur d'autres cibles beaucoup plus inoffensives : pollen, acariens, et poussière.

La hausse continue des maladies allergiques en semble être la preuve. Comme le rappelle Frédéric Le Guillou, pneumologue-allergologue et président de Santé Respiratoire France, « un Français sur quatre souffre aujourd'hui de rhinite allergique, contre un sur dix dans les années 1990 ». Le réchauffement climatique comme la pollution accélèrent encore le phénomène.

Dès lors, la question, ces dernières décennies, n'était plus de savoir si les microbes nous protégeaient, mais comment.

UNE MÉMOIRE QUI N'EST PAS CELLE DES VACCINS

Pour tester cette hypothèse, les équipes ont fait respirer à des souris des morceaux de microbes. Des fragments bactériens morts, incapables de provoquer une infection. Trois mois plus tard, ils ont exposé ces souris à un puissant allergène, une « protéase » comparable à celles présentes dans le pollen ou les acariens. À ce moment-là, les souris étaient totalement protégées et la réaction allergique n'a pas été observée.

Trois mois, à l'échelle d'une souris, c'est très long. Suffisamment pour que les chercheurs réagissent avec surprise : « Ça, c’était surprenant. On s’est dit : "mais qu’est-ce qui se passe ? Où est la mémoire ?" », se souvient Gérard Eberl. La réponse la plus attendue aurait été le système immunitaire adaptatif : des cellules, les lymphocytes, qui patrouillent dans le sang, fabriquent des anticorps au contact d’un micro-organisme étranger, et reconnaissent un antigène déjà rencontré. C'est sur ce principe que reposent les vaccins. Sauf qu'ici, la mémoire était ailleurs.

« L'originalité de nos découvertes réside dans la nature de cette mémoire, qui n'est pas portée par les cellules du système immunitaire, mais par les cellules structurantes du poumon, les fibroblastes », souligne Lucie Peduto. Ces cellules sont un peu les maçons du poumon, elles produisent le collagène et forment l'architecture des organes. « On les a largement ignorées pendant longtemps dans la recherche parce qu’il était très difficile de les étudier ».

Pourtant les fibroblastes sont en première ligne. « Elles détectent une agression due à des allergènes, s’activent et sécrètent des molécules qui recrutent les cellules du système immunitaire. Plus elles en sécrètent, plus l'allergie sera forte ». Une fois activées, elles gardent en mémoire qu'elles ont déjà été sollicitées. 

Cette mémoire peut être modifiée, permettant en quelque sorte un « oubli », si elles détectent la présence de fragments bactériens. Quand l'allergène arrive plus tard, elles ne sonnent plus l'alarme. L'inflammation ne démarre pas. L'allergie non plus.

LE PRINCIPE EST LÀ. LE TRAITEMENT, PAS ENCORE.

L'équipe a travaillé avec l'OM-85, un mélange de fragments bactériens commercialisé depuis des décennies pour prévenir certaines infections respiratoires. Un mélange de molécules connues, donc, déjà en cours de test chez l'humain. De quoi nourrir l'optimisme de Lucie Peduto. « À plus long terme, selon les résultats des études cliniques, il sera possible d'ici quelques années d'imaginer des sprays nasals avant et pendant la saison allergique ».

Étant donné que « cela ne dépend pas de l'antigène, cette réponse pourrait protéger de différents types d'allergies ». Une protection unique pourrait ainsi couvrir le pollen, les acariens et les graminées tous en même temps, quand les désensibilisations actuelles, longues et contraignantes, ne ciblent qu'un allergène à la fois. « Cependant on ne connaît pas encore suffisamment bien la biologie des fibroblastes pour confirmer ou infirmer cette hypothèse. De nombreux travaux sont en cours », ajoute Lucie Peduto.

Selon Frédéric Le Guillou, la découverte représente « une très belle piste de recherche pour avoir des nouveaux modes d'action de traitement. Parce que pour l'instant, les traitements c'est pour traiter les symptômes, et puis sinon, il y a la désensibilisation. » Cette dernière, longue et coûteuse, ne convient pas à tous. Un dispositif préventif simple comme un spray changerait beaucoup de choses. Mais entre la souris et l'humain, prévient-il, le chemin peut être long et sinueux.

Gérard Eberl partage cette prudence. « Il y a des différences non seulement entre les souris et les humains, mais aussi et surtout il y a des différences entre chaque humain. Entre vous et moi, entre les hommes et les femmes, entre les différentes ethnies. » La médecine, rappelle-t-il, devra s'adapter au cas par cas. « Le principe est vrai de façon générale, mais c'est comme si on construisait une voiture. C'est important d'avoir quatre roues pour l'équilibre général, mais ensuite il faut mettre des pneus sable, ou des pneus route, ou des pneus tout-terrain. Il y a plein de petites adaptations qu'il faudra faire ».

Le mécanisme ici décrit prévient l'apparition d'une allergie. Peut-il désensibiliser une allergie déjà installée ? « Si on a déjà une mémoire d'allergie, est-ce qu'on va pouvoir l'éteindre avec les microbes ? Ça, on ne sait pas », admet Gérard Eberl. La mémoire des fibroblastes pourrait être aussi tenace que celle qu'elle est censée prévenir.